Eén van de eerste zaken die de Stichting na het overlijden van Joop Schouten ter hand nam, was het behoud van Schoutens instrumentarium (orgel, piano, clavecimbel en clavichord). Het pijporgel en de piano konden in 1984 geplaatst worden in de Maartenszaal van het verzorgingscentrum De Mantel te Voorburg. De Stichting organiseerde hier een klein decennium tal van concerten en lezingen rond de beide instrumenten. Zowel regionaal als landelijk bekende  musici die hier hebben opgetreden zijn o.a. Ben van Oosten, Wim van der Panne, Arie J. Keijzer, Petra Veenswijk, Ben Fey, Toon Hagen, Rob Theissen, René Rakier, Anja van Wijk, Alexander Moser, Jos Laus en Aart de Kort. In 1993 kwam de samenwerking met De Mantel helaas tot een einde en werd, in afwachting van een nieuwe lokatie, het orgel opgeslagen bij de fa. Pels & Van Leeuwen te 's-Hertogenbosch.  De vleugel en het clavecimbel moesten noodgedwongen worden verkocht. Pas in  2007 kon het orgel worden geplaatst in de Agneskerk te Den Haag en heeft het inmiddels grote diensten bewezen bij de diverse concerten die in deze kerk plaatsvinden. Het orgel is nog steeds eigendom van de Stichting Het Joop Schoutenhuis, die daardoor  ook financieel zorg draagt voor het regelmatig onderhoud en de stemmingen.

De grote collectie muziekhandschriften van Joop Schouten is inmiddels, in afwachting van een betere lokatie, opgeslagen en minimaal toegankelijk. Wel is inmiddels de inventarisatie van de orgelwerken, de pianowerken en de meerstemmige miscomposities van Joop Schouten voltooid.

In januari 2014 is verschenen een cd met daarop een selectie uit het werk voor orgel solo (o.a. Passacaglia) gespeeld door Frits Haaze, Wim Hazeu, Jos Laus en Aart de Kort. Bespeeld worden de orgels van de St. Jacobuskerk te Den Haag (Maarschalkerweerd/Adema/Slooff) en het Joop Schoutenorgel van de Agneskerk te Den Haag (de Swaaf/Pels). De cd kost inclusief verpakkings- en verzendkosten € 12,50 en is te bestellen bij penningmeester Piet Balyon. Ook is de cd verkrijgbaar bij muziekwinkel Van Buytene te Delft en boek/muziekhandel Den Hertog te Houten.

In 2001 gaf de Stichting Het Joop Schoutenhuis in eigen beheer twee bundels uit met daarin het complete werk voor orgel van Joop Schouten. Deze twee bundels zijn nog leverbaar en kosten samen € 10. Bestellingen kunnen gedaan worden bij de webmaster.